Q.３令後期の幼虫ですが菌糸が劣化してきていて交換するか迷っています。

３令後期の菌糸ビンの交換は時期を見極めるのはなかなか難しいのですが羽化不全を防ぐためにも迷った場合には交換をオススメいたします。

交換時の幼虫の状態によって
・新しい菌糸ビンへ投入
・発酵マットに投入
・人工蛹室へ移動

の３つより選択するのが良いと思います。

【幼虫の状態とお勧めの対処】
・幼虫の体の色が白い場合　→　新しい菌糸ビンへ投入
・幼虫の体の色が黄色い場合　→　発酵マットを詰めたビンへ投入
・幼虫が前蛹または蛹になっていた場合　→　人工蛹室へ移動

下の動画は国産オオクワガタの餌交換のタイミングについて飼育担当が回答しております。参考程度にご覧ください。